Собор иконы Богоматери "Знамение" был построен в 1682-1687 годах по инициативе митрополита Корнилия. В 1696 году собор пострадал от пожара и после этого был перестроен. В 1699 году установлены иконостасы, в 1702 году стены были расписаны артелью костромских иконописцев во главе с И.Бахматовым. Во время Великой Отечественной войны здание получило значительные повреждения. Аварийно-ремонтные работы были проведены в 1950-х года, в 1960-1970-х годах были выполнены реставрационные работы под руководством Г.Штендера. Были проведены работы по спасению настенной живописи. Собор находится в ведении Новгородского музея-заповедника.