Скит, названный Вифанией в память о Вифании Палестинской, где произошло легендарное воскрешение Лазаря, начал строиться в 1783-1788 годах по указанию Платона, ректора Сергиево-Посадской семинарии. В 1797 году, после посещения императором Павлом I здесь был основан второклассный монастырь. Преображенский собор монастыря, перестроенный в XIX веке, имеет внутри вид горы, на которой находится престол Преображения, а внизу, как бы в пещере - престол Лазаря. При монастыре была открыта Вифанская духовная семинария. В XIX веке были построены ограда, колокольня, собор Святого Духа. В советское время монастырь был закрыт. В 2000-х годах возрождён мужской монастырь, продолжается восстановление искажённых и разрушенных построек.