Начало формирования музея связано со строительством Горьковской ГЭС. Из района затопления Горьковского водохранилища в 1956 году в Кострому были перевезены уникальные памятники деревянного зодчества, Спасо-Преображенская церковь и свайные баньки. Они размещались первоначально на территории Ипатьевского монастыря. Музей был учреждён в 1960 году. В 1969 году на территории 20 гектаров рядом с монастырём разместился музей народной архитектуры и быта, его коллекция пополнилась большим количеством произведений деревянного зодчества. Это рубленые избы крестьян из районов Костромской области, хозяйственные постройки, культовые памятники. Сейчас музей именуется Архитектурно-этнографический и ландшафтный музей-заповедник "Костромская слобода". Церковь Всемилостивого Спаса, один из лучших образцов деревянных клетских церквей, была построена в селе Фоминское Костромской области в 1712 году. В 1968 году она была перевезена в музей и отреставрирована по проекту архитекторов И.Ш.Шевелева и А.В.Ополовникова.