Самая первая тюрьма в крепости начала функционировать в 1723 году. Первой узницей стала сестра Петра I Мария Алексеевна, затем его первая жена Евдокия Лопухина. В Шлиссельбургской крепости с 1756 года содержался свергнутый Елизаветой Петровной Иван VI. Он содержался в одиночной камере в полной изоляции и официально именовался "известный арестант" или "безымянный узник". При попытке освобождения в 1764 году он был убит. Здание тюрьмы, построенное в XVIII веке, перестраивалось в XIX веке. Сейчас здесь размещается экспозиция, посвящённая узникам крепости.