Главный собор монастыря был построен в 1522-1524гг. вместо обветшавшей деревянной церкви Бориса и Глеба. Автором собора считают мастера Григория Борисова. Небольшой четырехстолпный одноглавый собор принадлежит к распространенному в XV-XVIвв. типу. Единственными его украшениями были перспективные порталы, закомары, профильные тяги. Облик собора сильно искажен более позними перестройками. В 1770-х гг. был надложен барабан, шлемовидная глава заменена луковичной с перехватом, что чудовищно исказило внешний облик храма. Вскоре позакомарное покрытие было заменено четырехскатной кровлей, скрывший декоративный пояс кокошников у основания барабана. В 1810г. с запада был пристроен придел Ильи Пророка, совершенно чуждый собору по стилю. В 1836г. по углам четверика были поставлены четыре маленькие декоративные главы, разобранные в XXв. Внутри храма находится гробница основателей монастыря Федора и Павла.