Монастырь был основан в 1656г. патриархом Никоном как его подмосковная резиденция. Ансамбль строился как подобие всемирно известного палестинского прототипа, главной святыни христианства. Тем самым Никон стремился создать в России внушительный центр православия, призванный поднять внутренний и международный авторитет русского патриархата. Для этого были привлечены лучшие мастера, создавшие неповторимый, единственный в своем роде соборный комплекс. Архитектурный ансамбль монастыря сложился за два строительных периода. Первый продолжался с 1656 по 1666г. под руководством самого Никона. За это время были выстроены возле монастыря "скит" Никона и Елеонская часовня, а на самой территории монастыря строился соборный комплекс. Затем, после низвержения и ссылки Никона, работы прервались почти на 14 лет и были возобновлены лишь в 1679г. по указу царя Федора Алексеевича. В 1685г. завершилось строительство соборного комплекса и началась обстройка монастыря каменными жилыми и хозяйственными зданиями, сменившими деревянную застройку. Этот заключительный этап в формировании ансамбля, совпавший с расцветом московского барокко, во многом определил художественный облик монастыря. Во второй половине XVIIIв. проводились работы по восстановлению рухнувшего шатра собора и возобновления монастырских зданий. При этом были искажены и частично обезличены внешние архитектурные формы больничных и трапезных палат и корпуса келий. Последний был окончательно обезличен в XIXв. В 1919г. монастырь был закрыт, а в 1920г. на территории начал работать музей. В 1941г. ансамбль был разрушен немецко-фашистскими захватчиками. Большинство построек сильно пострадало от взрыва и пожара. После войны начались реставрационные работы. К настоящему времени ансамбль почти полностью восстановлен, работы продолжаются. С 1995г. вновь открыт мужской монастырь, музей продолжает работать.