Церковь стоит у берега реки Вологды рядом с вологодским кремлем. Первоначально была освящена в честь Николая Чудотворца. На этом месте церковь существовала, по некоторым данным, с времен Ивана Грозного. В конце XVII века она была деревянной. Существующее каменное здание Никольской церкви построено между 1725 и 1775 годами. Точное время постройки неизвестно, но в 1782г. она уже существовала. В 1869г. она была возобновлена, существенно перестроена и освящена в честь Александра Невского. В советское время была закрыта, вновь открылась в 1997 году.