Водяные ворота с надвратной Преображенской церковью находятся в середине монастырской ограды Старого города, обращенной к Сиверскому озеру. Ворота с церковью построены в XVIв. Церковь – в 1595г., а сами ворота несколько раньше. Ворота имеют традиционную форму двух проездных арок. С двух сторон от ворот расположены палаты хозяйственного назначения. Преображенская церковь строилась по образцу церкви Иоанна Лествичника над Святыми воротами, но в отличие от других надвратных церквей, она с самого начала завершалась трехглавием. Большая глава располагалась в центре, а две малых – над восточными углам четверика. Две малых главы были поставлены над приделами Ирины и Николая, расположенными в алтаре по сторонам главного престола Преображения. Один из приделов был посвящен святой покровительнице царицы, сестры Бориса Годунова. Первоначальные главы и кровля были уничтожены при перестройке в XVIIIв. В советское время здание имело четырехскатное покрытие без глав. Первоначальное завершение было воссоздано при недавней реставрации памятника.