Издалека видны завершения монастырских церквей. Слева главный и самый древний собор монастыря, собор Рождества Богородицы. Он построен в 1490г., вскоре после пожара, уничтожившего все деревянные постройки монастыря по заказу Иоасафа. Иоасаф происходил из рода Оболенских, был ростовским архиепископом, но в результате разногласий с великим князем Иваном III был вынужден покинуть кафедру и поселиться в Ферапонтовом монастыре, где он когда-то был пострижеником. Собор был построен приглашенными мастерами, скорее всего, ростовскими. Была использована распространенная система четырехстолпного одноглавого трехапсидного храма с трехчастным членением фасадов и позакомарным покрытием. Внутри собор в 1500-1501гг. был расписан Дионисием с сыновьями. При поздних перестройках позакомарное покрытие было заменено четырехскатной кровлей, большая глава барочной формы относится к XVIIIв. Справа от собора виден шатер церкви Мартиниана, построенной в 1640-1641гг. над могилой игумена Мартиниана. Мартиниан – видный церковный деятель середины XVв., выходец из крестьян, ученик Кирилла Белозерского. При нем монастырь был превращен в крупный общественно-культурный центр, был построен новый собор, большое внимание уделялось переписыванию книг и созданию библиотеки. Мартиниан был канонизирован в XVI веке. Архитектура храма, увенчанного шатром по образцу XVIв., подчеркнута лаконична, проста по формам и архаична для своего времени.