Церковь Василия возведена на холме над ручьём Зрачкой, рядом со стеной Среднего города в 1413 году на месте прежней деревянной церкви. В XVIII веке вместо звонницы поставлена существующая колокольня. Здание было отреставрировано в 2009-2010 годах по проекту В.А.Попова в рамках федеральной целевой программы "Культура России". При этом было восстановлено позакомарное покрытие храма, главка и кровля северного придела.